血吸蟲病的臨床表現復雜且多樣化，根據病期早晚，感染輕重，蟲卵沉積部位以及人體免疫反應而不同，臨床上可分為急性、慢性、與晚期吸蟲病以及異位損害。
一、急性血吸蟲病
急性血吸蟲病發生于夏秋季，以7～9月為常見，男性青壯年與兒童居多，患者常有明確疫水接觸史，如打湖草、捕魚、摸蟹、游泳等，常為初次重度感染，約半數患者在尾蚴侵入部位出現蚤咬樣紅色皮損，2～3天內自行消退，從尾蚴侵入至出現臨床的潛伏期長短不一(23～73天)，但以1個月左右占大多數，起病較急，臨床癥狀以及發熱等全身反應為主。
1、發熱：患者均有發熱，熱度高低、期限與感染程度成正比，熱型以間歇型最常見，體溫曲線呈鋸齒狀，臨晚高熱，伴畏寒，次晨熱退盛汗，弛張熱及不規則低熱次之；稽留熱少見，均為重型，患者一般無顯著血癥癥狀，但重型患者可有意識淡漠、重聽、腹脹等，相對緩脈亦可見，故易誤診為傷寒，發熱期限短者僅2周，但大多數為1個月左右，重型患者發熱可長達數月，稱為重癥遷延型，伴有嚴重貧血、消瘦、浮腫，甚至惡病質狀態。
2、過敏反應：有蕁麻疹、血管神經性水腫、全身淋巴結輕度腫大等，蕁麻疹較多見，約見于1/3患者，血中嗜酸性粒細胞常顯著增多，具有重要診斷參考價值。
3、腹部癥狀：病程中半數以上患者有腹痛、腹瀉，而排膿血便者僅10％左右，腹瀉次數不多，有時與便秘交替，重型患者腹部有壓痛與柔韌感，可有腹水形成。
4、肝、脾腫大：90％以上患者肝臟腫大，伴有不同程度壓痛，尤以左葉肝臟為顯著，黃疸甚為少見，約半數患者伴有輕度脾腫大。
二、慢性血吸蟲病
在流行區占絕大多數。
1、無癥狀患者：慢性血吸蟲病中以無明顯癥狀者最多，僅在糞便普查或因其他疾病就醫時發現。
2、有癥狀患者：以腹痛、腹瀉為常見，每日兩三次稀便，偶爾帶血，時發時愈，重型患者有持續性膿血便，伴里后重，慢性血吸蟲病患者常有肝、脾腫大，在病程早期以肝腫大為主，尤以肝左葉為主，但隨著病程進展，脾臟逐漸腫大，故有肝脾型血吸蟲病之稱。胃與十二指腸血吸蟲病甚為少見，這類患者多在手術或胃鏡檢查取活組織檢查發現血吸蟲卵而確診。
三、晚期血吸蟲病
主要指血吸蟲病性肝纖維化而言，根據其主要臨床癥狀分為巨脾，腹水和侏儒型，隨著我國血防工作大力開展與深入，患者得到及時治療，晚期血吸蟲患者數已大量減少。
1、巨脾型：最為常見，占晚期血吸蟲病絕大多數，脾臟下緣達臍平線以下，或向內側腫大超越正中線，質地堅硬，常可捫及明顯跡，晚期血吸蟲病患者因食管下段靜脈破裂發生大出血時，脾臟可見縮小，巨脾型患者均伴有脾功能亢進，白細胞與血小板減少以及貧血，可有出血傾向。
2、腹水型：腹水是晚期血吸蟲病肝功能顯著喪失代償的表現，腹水形成與門靜脈阻塞、低蛋白血癥以及繼發性醛固酮增多引起水、鈉潴留有關，腹水程度輕重不等，病程長短不一，可反復發作，患者訴腹脹難受、腹部膨隆，常有臍疝與腹壁靜脈曲張，有時于臍周可聽到連續性血管雜音——克-鮑綜合征，少數患者出現輕度黃疸，蜘蛛痣與肝掌較門脈性肝硬化少見，下肢浮腫常見。
3、侏儒型：現在已很少見，兒童因反復重度感染肝臟生長調節素減少，影響其生長發育而引起侏儒癥，侏儒型患者身材呈比例性矮小，性器官不發育，睪丸細小，無月經，為類似垂體侏儒癥。
四、異位損害
1、肺血吸蟲病：多見于急性血吸蟲病患者，為蟲子，卵沉積引起的肺間質病變，呼吸道癥狀大多輕微，且常被全身癥狀所遮蓋，表現為輕度咳嗽與胸部隱痛，痰少，咯血罕見。肺部體征也不明顯，有時可聞干，濕啰音，但重型患者肺部有廣泛病變時，胸部X線檢查可見彌漫云霧狀，點片狀，粟粒樣浸潤陰影，邊緣模糊，以位于中下肺野為多，肺部病變經病原學治療后3～6個月內逐漸吸收消失，并不發展為肺源性心臟病。
2、腦血吸蟲病：臨床上可分為急性與慢性兩型，均以青壯年患者為多見。腦血吸蟲病在急性血吸蟲病患者病程中表現為腦膜腦炎癥狀：意識障礙、腦膜刺激征、癱瘓、抽搐、腱反射亢進、錐體束征等，腦脊液正常或有蛋白質與白細胞輕度增多，慢性型的主要癥狀為癲癇發作，尤以局限性癲癇為多見，顱腦CT掃描顯示病變常位于頂葉，亦可見于枕葉，為單側多發性高密度結節陰影，數厘米大小，但其周圍有廣泛腦水腫，使腦回凸起，甚至壓迫側腦室，使之變形，腦血吸蟲病患者肝、脾腫大有時并不明顯，如能及早診斷與治療預后較好，大多康復，顱腦CT掃描恢復正常，癲癇也停止發作。